ژنرال نوریگا متحد سرسخت آمریکا محسوب می‌شد و آمریکا طی سال‌ها از سرکوب‌های دوران حکومت او چشم‌پوشی می‌کرد. اما او در سال ۱۹۸۹ مورد بی‌مهری آمریکا قرار گرفت و نیروهای آمریکایی در این سال به پاناما حمله کردند و رژیم مانوئل نوریگا را سرنگون کردند.

در دوران حکومت نظامی در پاناما، ژنرال نوریگا همچنین همکاری‌های تنگاتنگی با شبکه قاچاقچیان مواد مخدر داشت. برخی از ناظران، حمله نظامیان آمریکایی به پاناما در سال ۱۹۸۹ و سرنگونی حکومت وی را به دلیل این ارتباطات دانسته‌اند. ارتباط او با "پابلو اسکوبار" قاچاقچی معروف آمریکای لاتین بر کسی پوشیده نیست

پس از سرنگونی حکومت او در پاناما، نوریگا ابتدا در سال ۱۹۹۲ میلادی در آمریکا به جرایم دست داشتن در شبکه قاچاق مواد مخدر محکوم شد.
ژنرال نوریگا به جرم دست داشتن در قاچاق مواد مخدر و پولشویی، ۱۷ سال در آمریکا زندانی شد.

او همچنین در سال ۲۰۱۰ به کشور فرانسه مسترد شد و از آنجا به پاناما فرستده شد تا به اتهام فساد، قتل و نقض حقوق بشر محاکمه شود

مانوئل نوریگا در حالی درگذشت که هنوز دوره یکسال حبس خود را به جرم قتل در پاناما سپری می‌کرد.