دکتر محمد علی جعفریان، درسال 1313 خورشیدی در محمدیه نایین از شهرستان های استان اصفهان در خانواده‌ای کشاورز دیده به گیتی گشود.

او از پنج سالگی به مدت دو سال به مکتب « ملا میرتقی» رفت و خط و خواندن آموخت. سپس به دبستان محمدیه نایین رفت و تحصیلات ابتدایی را تا کلاس چهارم در آنجا گذراند. پس از آن به همراه عموی خود به شیراز رفت و در دبستان حافظ شیراز، دوران ابتدایی را به پایان رساند. سپس برای ادامه تحصیلات در مقطع راهنمایی به نایین بازگشت.

وی دوره دبیرستان را نیز در نایین گذراند و سپس به دانش‌سرای کشاورزی شیراز رفت و در سال 1332 از این دانشسرای دیپلم کشاورزی گرفت. همچنین به پاس تلاش و موفقیت هایش در درس ها به او اجازه داده شد که رشته علوم طبیعی و شیمی را نیز همزمان بخواند ولی از آنجا که بعد از مدتی این دو رشته از هم جدا شدند، وی رشته علوم طبیعی را که شامل زمین شناسی و زیست شناسی بود، برگزید و در سال 1334 از دبیرستان شاپور شیراز دیپلم تجربی گرفت.

پس از شرکت در در کنکور دانشکده علوم دانشگاه تهران و قبولی در این دانشگاه، به تهران رفت و در سال 1337 خورشیدی موفق به دریافت مدرک کارشناسی علوم طبیعی از دانشگاه تهران شد.

تلاش مداوم او برای آموختن بیشتر و افزایش دانسته هایش موجب شد که به عنوان دانشجوی ممتاز شناخته شود و موفق به کسب امتیاز بورسیه شود، به همین دلیل به صورت دانشجوی مأمور به تحصیل، به فرانسه اعزام شد.