ذوالقدر متولد ۱۳۳۳ در شهرستان فسا استان فارس است که از ابتدای تأسیس سپاه پاسداران به عضویت این نهاد درآمد و دوران جنگ عراق مسئولیت آموزش سپاه را برعهده داشت.

او پس از جنگ به مدت ۸ سال رئیس ستاد مشترک سپاه بود و پس از آن نیز هشت سال به‌عنوان جانشین فرمانده کل سپاه پاسداران فعالیت می‌کرد.

در دوره نخست دبیری شهید علی لاریجانی در شورای عالی امنیت ملی در دهه ۸۰، ذوالقدر به‌عنوان قائم مقام وی فعالیت می‌کرد.

او در سال ۱۳۸۴ در دولت نهم به سمت معاونت وزارت کشور و معاون امنیتی انتظامی این وزراتخانه منصوب شد و تا سال ۱۳۸۶ در این سمت قرار داشت.

ذوالقدر عهده‌دار معاونت راهبردی قوه قضائیه از ۱۳۹۱ تا ۱۳۹۹ و معاونت اجتماعی و پیشگیری از وقوع جرم قوه قضائیه از ۱۳۸۹ تا ۱۳۹۱ هم بوده است.

در جریان مبارزات انتخاباتی ریاست جمهوری خرداد سال ۷۶ و دوره ریاست جمهوری سید محمد خاتمی، محمد باقر ذوالقدر جانشین وقت فرماندهی کل سپاه پاسداران بود؛ او جزو سردارانی است که نامه شدیداللحنی را برای سید محمد خاتمی ارسال کردند.

اما در آذر ۱۳۸۶ اعلام شد او از معاونت امنیت وزارت کشور برکنار شده‌است. یکی از نمایندگان محافظه‌کار مجلس، دلیل اصلی برکناری او را اعلام آماده‌باش نظامی وی به فرماندهان و فرمانداری‌های کل کشور برای مقابله با حمله قطعی ایالات متحده آمریکا اعلام کرد. مصطفی پورمحمدی وزیر کشور وقت توضیحی نداده و اعلام کرد «بحث آقای ذوالقدر باید به وقت مناسبی سپرده شود. خود آقای ذوالقدر باید در این رابطه توضیح دهد.»

اما ذوالقدر با امتناع از حضور در مراسم تودیع خود به‌طور غیرمستقیم نشان داد که برخلاف میل باطنی‌اش از مقام خود کنار گذاشته شده‌است. برخی از سایت‌های خبری نزدیک به دولت احمدی نژاد، عدم موافقت ستاد کل نیروهای مسلح برای ادامه فعالیت ذوالقدر در این وزارتخانه را به‌عنوان دلیل استعفای وی ذکر کردند؛ اما به گزارش روزنامه همشهری، ستاد کل نیروهای مسلح هیچ درخواستی مبنی بر بازگشت ذوالقدر مطرح نکرده بود و بلکه یکی از مقامات خارج از وزارت کشور در نامه‌ای به مصطفی پورمحمدی خواستار عزل فوری ذوالقدر و معرفی جایگزین وی در اولین فرصت شده بود.

روزنامه اعتماد ملی نیز به نقل از «یک مقام آگاه» خبر داد که «دلیل اصلی کناره‌گیری ذوالقدر از وزارت کشور مباحث مربوط به چگونگی برخورد با ناامنی‌های احتمالی در صورت تشدید فشارهای خارجی و بی‌توجهی به برنامه‌ریزی‌های پیش‌بینی شده در این باره است».

همشهری نیز علت برکناری ذوالقدر را «ارائه تحلیلی متفاوت با احمدی‌نژاد» دانست و نوشت که او «به‌دلیل ارائه تحلیلی که با نگاه و تبلیغات رایج مسئولان عالی دولت انطباق کامل نداشت برکنار شد»