به گزارش خبرگزاری هرانا به نقل از سازمان دفاع از حقوق بشر کُردستان، باوجود پیگیری های مدوام خانواده آقای کبودوند،قانون تجمیع جرائم درمورد پرونده وی تاکنون اعمال نشده است. مطابق ماده ۱۳۴ قانون مجازات جدید، در صورت تجمیع جرائم، تنها حکم ده‌ساله حبس آقای کبودوند قابلیت اجرا دارد و حبس شش‌ماهه وی اجرا نخواهدشد، به همین جهت آقای کبودوند با قید کفالت تا تعیین تکلیف این ماده در خصوص وی از زندان آزاد شد.

محمد صدیق کبودوند از دهم تیرماه سال ۱۳۸۶ بازداشت و زندانی‌شده بود. دادگاه انقلاب اسلامی تهران به اتهام اقدام علیه امنیت ملی از طریق تشکیل و اداره سازمان دفاع از حقوق بشر کُردستان وی را به ده سال حبس و از بابت تبلیغ علیه نظام جمهوری اسلامی از طریق ارتباط و مراوده با سازمان‌های بین‌المللی حقوق بشر و ارتباط و مکاتبه با شخص کوفی عنان دبیر کل وقت سازمان ملل متحد و گفتگو با رسانه‌های عمومی به یک سال حبس و جمعاً به یازده سال حبس محکوم کرد که در شعبه ۵۶ دادگاه تجدیدنظر استان تهران ده سال حبس از بابت تأسیس سازمان، مورد تائید قرارگرفته و قطعی شده بود.
کبودوند در پرونده مربوط به فعالیت روزنامه‌نگاری، به اتهام «تشویش اذهان عمومی از طریق درج مطالب در هفته‌نامه پیام مردم» توسط دادگاه عمومی و انقلاب سنندج به یک سال حبس تعزیری، ۵ سال محرومیت از روزنامه‌نگاری و مدیریت نشریه و ابطال پرونده انتشار پیام مردم محکوم شد که پس از تأیید در دادگاه تجدیدنظر استان تهران، میزان محکومیت حبس در دیوان عالی کشور به ۶ ماه تقلیل یافت. وی همچنین پرونده‌ای نیز مربوط به انتشار کتابچه‌ای در مورد زنان و نقض حقوق آنان در ایران، در دادگاه انقلاب آذربایجان غربی داشت که از این اتهام تبرئه شد.کبودوند در طی دوران حبس بارها دست به اعتصاب غذا زد، اعتصاب غذای ۵۹ روزه برای دیدار با فرزند بیمارش و همچنین اعتصاب غذای ۳۴ روزه در اعتراض به پرونده سازی های اخیر که روز چهارم خردادماه ۱۳۹۵ در شعبه ۲۸ دادگاه انقلاب اسلامی تهران به ریاست قاضی محمد مقیسه برگزار شد و با تبرئه وی از اتهامات وارده، پایان یافت.

کُمیته تحقیق بازداشت‌های خودسرانه در ملل متحد در قطعنامه ای تأسیس سازمان دفاع از حقوق بشر کُردستان و فعالیت‌های سازمان و شخص آقای کبودوند را قانونی و منطبق با تعهدات حقوق بشری ایران شناخته‌ وحکم ده سال حبس برای ایشان را خودسرانه و غیرقانونی اعلام نموده بود و دولت ایران را به آزادی بدون فوت وقت کبودوند فراخوانده و تصویب نموده که بابت جبران خسارت‌های روحی و روانی، جانی و مالی وارده بر کبودوند و خانواده اش باید به وی غرامت بپردازد.

کبودوند عضو افتخاری انجمن قلم اتریش، انجمن قلم سوئد ،انجمن قلم کاتالاو انجمن قلم سیدنی و همچنین روزنامه‌نگار سال بریتانیا در سال ۲۰۰۹و برنده جایزه هلمت همت در سال ۲۰۰۸ است.