علی یونسی که برای سفری دوروزه به شیراز رفته بود ابتدا در عبادتگاه یهودیان این شهر از حقوق اقلیت‌های دینی ایران دفاع و هنگام بازگشت نیز در دیدار با خبرنگاران از "مدیریت و قانون مرد سالارانه" در ایران انتقاد کرد، اما بیش از همه آنچه باعث انتقاد از او شده حضور در کنیسه یهودیان و تفسیرش از نشانه‌های پرچم حکومت سابق ایران است.

علی یونسی روز شنبه، ۱۳ اردیبهشت پیش از ترک شیراز در یک کنفرانس خبری، پرچم سه رنگ ایران را دارای "سابقه تاریخی" دانسته و گفته است: "عده‌ای خیال می‌کردند نماد شیر و خورشید در میان پرچم ایران یک نماد سلطنتی و شاهنشاهی است، در حالی‌که شیر نماد حضرت علی (ع) و خورشید نماد حضرت محمد (ص) است و در دوران گذشته اضافه کردن تاج به این نماد باعث سلطنتی شدن آن شد."

به گزارش خبگزاری ایلنا یونسی با بیان اینکه "برای نماد هلال احمر احترام زیادی" قائل است پیشنهاد کرده که "نماد شیر و خورشید که نماد حضرت محمد (ص) و علی (ع) است جایگزین نماد کنونی هلال احمر شود". سایت اصولگرای جهان نیوز این گفته‌های یونسی در مورد پرچم ایران را "عجیب و شگفت آور" خوانده است.

دستیار ویژه روحانی جمعه شب با حضور در جمع کلیمیان شیراز گفت گرایش‌های تند مذهبی، تهدید کننده صلح جهانی است. او افزود: "گرایش‌هایی مانند القاعده، سلفی و وهابی در اسلام یا صهیونیست در یهودی و مسیحی‌های تند، تعدادشان معدود است. اینان برای صلح جهانی خطرناک هستند و همه باید برای مقابله با آنان تلاش کنیم."

پایگاه خبری محافظه‌کار "خیبر آنلاین" نزدیک به مصباح یزدی در یادداشتی نوشته است که یونسی در سخنرانی خود در جمع کلیمیان شیراز "ضمن طرح نقطه‌نظرات شخصی‌اش درباره تاریخ ایران و ادیان با روایتی یهودی و عبرانی برخی نکات را بر زبان رانده است که دقیقا معادل فرقه‌ای دارد."

نویسنده این یادداشت که عنوان "شاید یونسی می خواهد مشایی روحانی باشد" را بر پیشانی دارد نوشته است: "وقتی می‌گوییم فلان اظهارنظر فرقه‌ای است، یعنی اینکه آن جملات واجد و دربرگیرنده گذاره‌های فرقه‌ای و برداشت‌های انحرافی و آلوده از معنویت بوده و سرشتی یگانه در برداشت‌های ناروا از عرفان و شناخت دارد. به این اعتبار وقتی اظهار نظرهای دستیار رئیس‌جمهور در امور قومیت‌ها را که در جمع یهودیان شیراز بیان شده مرور می‌کنیم، نشانه‌های فرقه‌ای موج می‌زند."

در ادامه این یادداشت نوسینده آورده است: "با مرور اظهارنظرهای وی درباره یهودیان، تاریخ و ایران، همان سخنان جنجال برانگیز رحیم مشایی در دولت قبل تداعی می‌شود که نتیجتا سبب شد دولت، مشروعیت خود را در میان بسیاری از حامیان سنتی خود از دست بدهد. اگرچه اینگونه اظهارنظرها بنابر دلایل متعددی من‌جمله برخوردهای شدید با رسانه‌های منتقد کمتر رسانه‌ای می‌شود اما به‌نظر می‌رسد علی یونسی دوست دارد مشایی دولت روحانی باشد."