در همین حال رهبر اخوان المسلمین نیز بازداشت شده است. محمد بدیع به تحریک به آشوب و خشونت متهم شده و قرار است همراه با سایر رهبران اخوان‌المسلمین به زودی محاکمه شود.

در ۵۰ روزی که از برکناری مرسی می‌گذرد، شمار زیادی از اعضای ارشد اخوان‌المسلمین بازداشت شده‌اند، اما محمد بدیع همچنان پنهان بود و فقط گهگاه در جمع هوادارانش ظاهر می‌‌شد.

بدیع که در میان هواداران اخوان‌المسلمین "مرشد" نامیده می‌شود، در تظاهرات علیه مرسی آماج حمله مخالفان بود. "مرگ بر حکومت مرشد" از جمله شعارهای تظاهرات مخالفان اخوان‌المسلمین بود که روز سی ژوئن به برکناری مرسی از قدرت توسط ارتش منتهی شد.

در همین حال، وزیر دفاع آمریکا گفته است که امکانات این کشور برای تاثیرگذاری بر تحولات مصر محدود است.