مسئولان ایران همیشه از سطح بالای ایمنی این نیروگاه خبر داده‌اند ولی چندین عامل باعث نگرانی‌هایی در زمینه می‌شود. تاسیسات این نیروگاه در سال ۱۳۵۵ یعنی نزدیک به ۳۷ سال پیش ساخته شده است که از لحاظ زمانی چندان قدیمی نیست ولی جالب توجه این است که تا سال‌ها و پیش از ورود روس‌ها به این ماجرا، نیروگاه چندان مورد اهمیت قرار نمی‌گرفته و بازسازی‌ها و تعمیرات تخصصی عمده‌ای در آن صورت نمی‌گرفت. این‌که نیروگاهی که بر اساس دانش زمان خود و توسط کشوری دیگر ساخته شده و سال‌ها بعد توسط کشور دیگری تجهیز شود، می‌تواند نگران کننده باشد. جالب‌تر این‌که بر اساس گفته‌های غلام‌رضا آقازاده، ۲۴ درصد قطعات و تجهیزات مورد استفاده در نیروگاه بوشهر ساخت آلمان، ۳۶ درصد ساخت ایران و ۴۰ درصد ساخت روسیه می‌باشند.

یکی دیگر از نگرانی‌ها به مشکلات فنی برمی‌گردد که به همین علت در سال پیش مدتی فعالیت این نیروگاه به حالت تعلیق درآمده که در همان زمان امیر کویت، از ایران خواسته بود تا با هم‌کاری بیش‌تر با آژانس اتمی از خطرات احتمالی بکاهد. در سال ۲۰۱۰ و پس از ۶ ماه از شروع فعالیت این نیروگاه، به علت مشکل در سیستم‌های سردکننده فعالیت در آن نیروگاه متوقف شد.

یکی دیگر از مشکلات عمده، آماده نبودن ایران برای برخورد با حوادث ناخواسته اتمی است. حوادث اتمی در سال‌های پیش در کشورهای بسیار پیش‌رفته مانند ژاپن، امریکا و حتی اکراین (شوروی سابق) آسیب‌های فراوانی را ایجاد کرده بود. در ژاپن و بر اثر زمین‌لرزه‌ای ۹ ریشتری، نیروگاه هسته‌ای فوکوشیما آسیب دیده و تا شعاع ۲۰ کیلومتری شهرها و روستاها خالی از سکنه شده و فروش و خوردن روییدنی‌های منطقه نیز ممنوع شد. در امریکا نیز در سال ۱۹۷۹ پس از حادثه تری مایل آیلند، ۱۴۰۰۰۰ نفر از مردم منطقه خانه‌های خود را ترک کردند. در حادثه چرنوبیل نیز نزدیک به ۵ میلیون نفر آسیب دیده و بسیاری کشته شده و بسیاری به بیماری سرطان دچار شدند.