روشن است که امروزه بقای القاعده براي جمهوری اسلامی در اولویت است و ایالات متحده نتوانسته رابطه ميان القاعده و تهران را قطع کند. در اين زمينه يک قاضي فدرال اخيراً شواهدي دال بر مشارکت جمهوري اسلامي در حوادث 11 سپتامبر ارائه کرد ولي با اين وجود موضوع همکاري تهران و القاعده براي بسياري از مقامات رسمي آمريکا به طور کامل جا نيفتاده است.

طبق گزارش نويسنده کميسيون 11 سپتامبر، رابطه ميان جمهوري اسلامي و القاعده بيانگر اين موضوع است که شکاف شيعه و سني لزوماً مانعي براي همکاري هاي تروريستي ايجاد نمي‌کند. براي نمونه جمهوري اسلامي تا کنون به 2 تروريست بدنام القاعده يعني سيف العدل که رهبر موقت القاعده پس از مرگ بن لادن بود و ديگري أبومصعب الزرقاوي که هدف اصلي آمريکا در شاخه عراقي القاعده بود، پناه داده است.