خاتمي با ابراز تمايل تلويحي نسبت به حضور اصلاح‌طلبان در انتخابات آينده رياست جمهوري، درباره صدور اجازه شركت به آنها در رقابت‌هاي انتخاباتي ترديد كرده است.

خاتمي گفته است: شركت در انتخابات حق است و تلاش مي‌كنيم اين حق از كسي سلب نشود، اما مشكلاتي هنوز وجود دارد و افراد زيادي به دليل انتخابات قبلي زنداني يا با محدوديت‏‌هايي مواجه شدند. بايد مسائل انتخابات پيشين را در نظر داشت و سپس براي انتخابات رياست جمهوري پيش رو تصميم گرفت.

خاتمي سران فتنه (موسوي و كروبي) را «رهبران اصلي جنبش سبز» خوانده و گفته است: «نمي‌خواهم بگويم بين اصلاحات و جنبش سبز بايد خط بكشيم، اما بايد خط‌كشي‌هايي براي برخي از جريانات كه منحرف و خطرناك هستند، داشته باشيم. »