به گفته این منابع، خامنه‌ای اکنون به شدت نگران نفوذ اسرائیل در رده‌های بالای حکومت در تهران است.

یکی از این منابع که یک مقام ارشد ایرانی است، به رویترز گفته بلافاصله پس از انفجار پیجرهای حزب‌الله در ۱۷ سپتامبر، خامنه‌ای از طریق عباس نیلفروشان، فرمانده ارشد سپاه پاسداران که او نیز در حملات اسرائيل به مقر حزب‌الله کشته شد، پیامی به حسن نصرالله ارسال کرد و از او خواست تا به ایران برود. این پیام به این دلیل ارسال شده بود که برخی گزارش‌های اطلاعاتی حاکی از قصد اسرائيل برای کشتن نصرالله بود.

به گفته این منبع، خامنه‌ای که از روز شنبه در مکانی امن در ایران به سر می‌برد، شخصاً دستور شلیک حدود ۲۰۰ موشک به سمت اسرائیل را در روز سه‌شنبه اول اکتبر (۱۰ مهر) صادر کرد.

منبع دیگری به رویترز گفته مرگ نصرالله مقامات ایرانی را نسبت به برخی از اعضای سپاه پاسداران و مقامات ارشد امنیتی مشکوک کرده است، به ویژه کسانی که به خارج از کشور از جمله لبنان سفر کرده یا بستگانی در خارج از ایران دارند.

این منبع اضافه کرده یکی از این افراد که پیشتر سوالاتی درباره محل اقامت نصرالله پرسیده بود، از جمله این که او تا چه مدت در مکان‌های خاص می‌ماند،‌ به همراه چند فرد دیگر بازداشت شده است.

یکی دیگر از این سه منبع که از افراد نزدیک به جمهوری اسلامی است نیز گفته "علی خامنه‌ای دیگر به هیچ‌کس اعتماد ندارد".