پس از تلاش اولیه در پنهان کردن علت واقعی مرگ او مقامات رسمی در ٢٥ تیر اعلام کردند که زهرا کاظمی در اثر ”ضربه‌ٔ مغزی“ در گذشته است. پیکر زهرا کاظمی با اصرار بسیار چهارشنبه اول مرداد ماه برخلاف خواست پسرش استفان هاشمیان که در کانادا اقامت دائم دارد، در زادگاهش شیراز به خاک سپرده شد.

مادر زهرا کاظمی در هشت مرداد ماه ١٣٨٢ در مصاحبه‌ ای اعلام کرد که شدیداً تحت فشار قرار گرفته بود تا موافقت کند دخترش در ایران به خاک سپرده شود. از همان فردای خاکسپاری، استفان هاشمیان تنها فرزند زهرا کاظمی‌خواهان نبش‌قبر و انتقال پیکر مادر خود به کانادا است.

وکلای خانواده زهرا کاظمی بارها نسبت به روند رسیدگی پرونده از سوی دستگاه قضایی انتقاد کرده‌اند. در برگزاری دادگاههای بدوی و تجدیدنظر به وکلا اجازه داده نشد تا برای روشن شدن حقایق شاهدان خود را که برخی از آنها مسئولان بلندپایه دستگاه قضایی بودند به دادگاه دعوت کنند.

گزارشگران بدون مرز در گزارشات متعدد یادآور شدند که موارد ”ناپدید“ شدن فعالان و روزنامه‌نگاران پس از بازداشت خودسرانه از سوی مقامات امنیتی - قضایی و یا در هنگام بازداشت چنان افزایش یافته است که می‌توان گفت به رویه‌ای تبدیل شده است.

همچنین تأکید کردند بازداشت و نگهداری مخفیانه زندانی شکلی از ”ناپدید کردن اجباری“ و نقض حقوق بین‌المللی است و می‌تواند از مصادیق جنایت علیه بشریت به‌شمار آید. جامعه جهانی نباید در این باره سکوت کند.

در این مدت اسنادی از طرف برخی زندانیان، پزشکان و افرادی که آن زمان در اوین تردد داشتند منتشر شد. اسنادی که بیانگر اعمال شکنجه‌های وحشیانه پاسدار سعید مرتضوی و سایر پاسداران بر زهرا کاظمی بود اما مقامات قضایی و ماموران اطلاعات با تکذیب یا تحت‌الشعاع قرار دادن اسناد با سایر موضوعات، سعی در انحراف اذهان عمومی و کتمان واقعیت داشتند.