در انتخابات مجلس ششم نیز حداد عادل پس از ابطال حدود هفتصد هزار رأی در انتخابات، به عنوان آخرین نفر از تهران، وارد مجلس شد.

روز جمعه بیست و یکم اسفند، خبرگزاری‌های نزدیک به منابع امنیتی و سپاه نامه "جمعی از اصحاب رسانه" خطاب به اعضای شورای نگهبان را منتشر کردند که خواستار "برخورد قاطع و به استناد قانون با تخلف محمدرضا نجفی" شده بودند.
به ادعای این افراد، استعفای دیرهنگام نجفی از مقام دولتی برای شرکت در رقابت‌های انتخابات مجلس، یک تخلف انتخاباتی بوده است.
اما روز شنبه بیست و دوم اسفند، حسینعلی امیری، قائم مقام وزیر کشور، در حاشیه نشست استانداران سراسر کشور در این باره گفت که "کارهای محمدرضا نجفی قانونی انجام شده است".
با این حال این مقام وزارت کشور تأکید کرد که شورای نگهبان باید درباره سرنوشت این منتخب تهران نظر بدهد.
همچنین محمود زمانی قمی، استاندار استان مرکزی روز شنبه در این باره گفت: " نجفی مشمول مفاد ماده ۲۹ قانون انتخابات نبوده و نیست و مفهوم مندرج در این قانون برای استعفا از مشاغل دولتی مشمول وی نمی شود چون به لحاظ پست های قانونی، پست مصوبی که باید از آن استعفا شود برای وی وجود نداشته است."
شورای نگهبان نه تنها نظر خود را درباره نجفی اعلام نکرده، بلکه هنوز صحت کل انتخابات را نیز تأیید نکرده است.
در صورت حذف نجفی از فهرست منتخبان انتخابات تهران و ورود حداد عادل به مجلس، اتفاقی که در سال ۷۸ در انتخابات مجلس ششم روی داد، دوباره تکرار خواهد شد.
حداد عادل خود پیش از انتخابات در یک سخنرانی در شیراز گفته بود: "صدای پای مجلس ششم را می‌شنوم".