کیهان حکومتی: محافل دانشگاهی و سیاسی از گزینه وزارت علوم به عنوان یکی از همکاران سازمان فتنه و آشوب یاد می‌کنند. میلی‌منفرد از تحصیل‌کردگان فرانسه است که به تدریج مانند شمار زیادی از مدعیان اصلاح‌طلبی، از آرمان‌های نظام فاصله گرفت. او پس از استعفای مصطفی معین از وزارت علوم در دولت اصلاحات، به سرپرستی این وزارتخانه گمارده شد. نامبرده در جریان حوادث فتنه‌آمیز سال 1388 جزو عناصر فتنه‌گری بود که اقدام به تجمع و تحصن در دانشگاه امیرکبیر کردند. بنابر برخی گزارش‌ها وی در تحریک طیفی از دانشجویان ایفای نقش می‌کرد و همان زمان به بهانه اعتراض به تقلب در انتخابات خواستار تعطیلی و تعویق امتحانات ترم دوم شده بود.