رئیس مجلس شورای اسلامی در پاسخ به سؤالی مبنی بر اینکه علت استعفای شما از دبیری شورای عالی امنیت ملی چه بوده است افزود: ‌به‌طور حتم مسائل دبیرخانه شورا بسیار حساس است و مسائل گوناگون مربوط به منافع و امنیت کشور در این مباحث مطرح است اما من در کل در آن زمان اختلافات جدی مدیریتی را با آقای احمدی نژاد احساس می کردم از این رو به نظر من مسائل استراتژی کشور باید با فکر و تأمل انجام شود و به همگرایی بخش های مختلف نیاز است لذا کارهای لحظه ای هیچ نتیجه ای ندار و به کشور آسیب می زند.

لاریجانی ادامه داد:‌ من در آن زمان یک مدت در این باره با آقای احمدی نژاد مذاکره کردم اما بعد از مدتی دیدم که ایشان رئیس جمهور هستند و حق دارند و لزومی ندارد که من مزاحم ایشان در این رابطه شوم لذا نمی خواستم که یک حالت تحمیلی برای این موضوع وجود داشته باشد و واقعا سبک کار من به این شیوه نبود از این رو از این سمت استعفا دادم.