آقای نیری در نامه‌ای که روز شنبه (هشتم مهر) در روزنامه «جمهوری اسلامی» منتشر شده این مطلب را بیان کرده است.

وی در این نامه نوشته که روزنامه کیهان و هفته‌نامه «پرتو سخن» مطالبی درباره «صدور حکم اعدام فرزندان محمدی گیلانی» درج کرده‌اند که «صرفنظر از ساختگی بودن آن، اهانت بزرگی به این عالم وارسته» است.

معاون رئیس دیوان عالی کشور افزوده است: «محمدی گیلانی دارای سه فرزند ذکور بوده‌اند که ارشد آن‌ها محمدجعفر در سال ۱۳۵۸ بر اثر تصادف و عفونت بیمارستانی دارفانی را وداع گفتند.»

در این نامه همچنین آمده دو فرزند دیگر محمدی گلپایگانی در سال ۱۳۶۰ عضو سازمان مجاهدین خلق بودند که هنگام «فرار» از کشور دچار حادثه شده و از «ترس» شناسایی با خوردن «سیانور» به زندگی خود خاتمه دادند.

در بخش دیگری از این نامه از محمد گلپایگانی به عنوان فردی «عارف»٬ «رئوف» و «مهریان» یاد شده که نمی‌توان تصور کرد چنین فردی «درصدد کشتن فرزندان خود بر آید.»

حسینعلی نیری در پایان نامه خود نوشته است: «چه لزومی دارد برای بعض اهداف سیاسی چهره مهربان و عطوف بزرگان حوزه را خشن و زشت‌تر از شمر و نادر و مغول معرفی کنیم.»

این نامه پس از آنکه روزنامه کیهان٬ هفته‌نامه «پرتو سخن» و برخی دیگر از رسانه‌های محافظه‌کار از اکبر هاشمی رفسنجانی خواستند چون محمد محمدی گیلانی با فرزندان خود برخورد کند٬ منتشر شده است.

روزنامه «جمهوری اسلامی» هم ششم مهر در واکنش به این درخواست در خبر کوتاهی اعلام کرد فرزندان محمدی گیلانی «اعدام» نشده‌اند و این رسانه‌ها واقعیت‌های تاریخی جمهوری اسلامی را «تحریف» کرده‌اند.